Mesmo pequenos resíduos de proteínas alergénicas nos alimentos podem provocar reações alérgicas em pessoas susceptíveis. Assim, a monitorização da contaminação cruzada em matéria-prima e linhas de produção, bem como a correta rotulagem de produtos alimentícios, são uma parte importante do controlo de qualidade na indústria alimentar. Diversas agências definiram como obrigatório a rotulação de alimentos contendo alergéneos tais como cereais contendo glúten, leite, ovos, soja, amendoins, nozes (e outras da família), peixe, marisco, aipo, mostarda, sementes de sésamo, lupin. Em alguns países é também incluído a histamina e sulfitos ou dióxido de enxofre.