As micotoxinas são metabolitos produzidos por fungos. As doenças causadas pela ingestão de alimentos contaminados por estes resdíduos são as micotoxicoses.

A EU tem legislação consolidada que regula os níveis máximos admissíveis para Aflatoxinas Totais, Aflatoxina B1 e Aflatoxina M1, DON, Zearalenona, Fumonisina, T-2, Ocratoxina A, Citrinina, Tricotecenos e Patulina. Estes resíduos têm sido encontrados em matrizes que não somente os cereais.